皮蛋可以直接使用，也可以煮着吃。皮蛋的制作原理：利用蛋在碱性溶液中，能使蛋白质凝胶的特性，使之变成富有弹性的固体。但是，皮蛋制作如果配方控制不良，会使蛋白质在碱性溶液中反而发生水解，蛋白质变性呈为蛋白，就不能食用。如果蛋壳有裂痕或配方控制不佳，也会让蛋内之硫化氢外溢，变成金黄色。正常的皮蛋是为墨绿色且有松花及富弹性。
食用方法：1、直接沾佐料吃，如酱油、酱油膏、辣椒酱等。2、直接拌姜片或啤酒食用。3、制成各种料理，如皮蛋豆腐、糖醋皮蛋、三色蛋、皮蛋瘦肉粥、翡翠皮蛋羹等。
有的人认为皮蛋碱味太重，难以接受，煮着吃可以减轻皮蛋的味道，也有人认为皮蛋煮过之后更好吃，但搭配煮粥、煲汤等再次加工一起食用会更合适，但实际上皮蛋是清洗过后，就可以直接食用的一种蛋加工食品。