1、果实：荔枝的果实外皮为红色，而龙眼的果实外皮为黄色。2、花形：荔枝的花朵为黄白色，而龙眼的花朵呈现浅绿色。3、叶片：荔枝叶片呈椭圆披针形，龙眼叶片呈长圆披针形。4、科属：荔枝是荔枝属的常绿乔木，而龙眼是龙眼属的常绿大乔木。
主要区别分为两大类：
一、科属区别
龙眼为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、无患子目、无患子科、龙眼属常绿大乔木，主要分布于广西、广东、福建和台湾等地。
荔枝为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、无患子目、无患子科、荔枝属常绿乔木，产于中国南部、西南部和东南部，以广东、广西和福建南部（厦门、漳州、泉州地区）栽培最盛。
二、外观区别
龙眼：皮黄色或者褐黄色的皮，比较光滑，一般比较小，如硬币一样，有点像小球，肉质是半透明的，晒干了略带药味，果核为圆球状。
荔枝：皮成绿色或者红色，皮上有小疙瘩。比桂圆大一点，像乒乓球一般大小，肉质是白色的，果核一般是椭圆，或者是鸡心的形状。