生的黄花菜有毒。新鲜黄花菜中的有毒物质是秋水仙碱，其百分之六十的有毒物质都分布在花瓣中，如果误食会引发中毒症状。因此在食用黄花菜时，要用沸水烫一遍，或者用百分之十的盐水浸泡1小时。
新鲜黄花菜中含有一种叫秋水仙碱的物质，其实这种物质本身无毒。但是进入肠胃道后，经过人体肠胃道的吸收，在体内会氧化成具有较大毒性的二秋水仙碱，此类物质会让人体出现中毒的现象。
新鲜黄花菜的有毒成分，在60度以上的高温状态下会减弱。因此在食用时要将新鲜黄花菜用滚开水焯过之后，再拿清水浸泡一到两个小时之后洗净即可。或者也可以先将黄花菜用百分之十的盐水中浸泡一小时，这样秋水仙碱的含量可以降低65％。干的黄花菜是没有毒性的，最好也用清水或温水进行多次浸泡之后再食用。