1、根据票据进行区分：如果说的是增值税专用发票，收入肯定讲的是不含税收入如果说的是普通发票的话，收入肯定是含税收入。
2、根据纳税人的性质：如果是零售企业，一般来说都说的是含税收入，如果是生产企业批发等，一般来说讲的是不含税收入,运费都是不含税的，所以在计算扣除是按照票面的7%作为进项税抵扣。
扩展资料：
013年5月24日，财政部、国家税务总局以财税〔2013〕37号印发《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》。
该《办法》分纳税人和扣缴义务人，应税服务，税率和征收率，应纳税额的计算，纳税义务、扣缴义务发生时间和纳税地点，税收减免，征收管理，附则8章53条，自2013年8月1日起执行。
2011年11月16日财政部、国家税务总局财税〔2011〕111号印发的《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》自2013年8月1日起废止。
参考资料来源：百度百科-交通运输增值税