1、性质不同
分公司，母公司(parent company)、子公司(subsidiary)和分公司(branch)划分，主要依据公司之间的相互关系来确定，这种划分直接影响到对公司的债权、债务的责任人的确定。
代理的一般做法是由委托人与代理人签订代理协议，授权代理人在一定范围内代表其向第三者进行商品买卖或处理有关事务。
2、结构不同
分公司是总公司管辖的分支机构，是指公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构。
代理：以他人的名义，在授权范围内进行对被代理人直接发生法律效力的法律行为。
4、范围不同
分公司包括净利润扣除了非经常损益后得到的每股收益。
而代理资产包括那些一次性的资产转让或者股权转让带来的非经营性利润。
参考资料来源：百度百科-分公司
参考资料来源：百度百科-代理